История села Тахтамышево уходит корнями в глубокое прошлое, возможно, даже во времена Тохтамыш-хана, как намекает легенда, связанная с древним бором села. Первые исторические упоминания о селе связаны с купцом Максимовым, который в 1885 году основал в Тахтамышево кошмовальный завод, впоследствии ставший Томской фабрикой валяной обуви.

Село развивалось, появились школа и детский сад, а в 2007 году было начато строительство зоны отдыха с искусственным озером. В 2012 году была открыта соборная мечеть.

В настоящее время село сталкивается с проблемой добычи песчаного карьера, который негативно влияет на экосистему, влияя на водные ресурсы и исчезновение лесных насаждений. Жители села выступают за создание особо охраняемой территории, чтобы защитить древний бор.